《使徒行者》的結局是郭sir沒當差和老婆過幸福生活，KOBE死了，YAN去墳地上看他，答應會過的很好，爆seed回歸警隊，三年后在自己開的沐足店和阿釘相遇。

在千鈞一發之間，卓凱的支援部隊終于趕到現場，雙方展開激烈戰斗，警方終成功救出了家強，但是小嘉卻被兇徒帶走，家強為此而感到焦急不已。卓凱收到瑞安的來電，得知小嘉及羨晴被綁架到電視廠房之中，家強及卓凱為救心中所愛，決定以身犯險，而瑞安亦借機向卓凱提出挑戰。

羨昕獨闖瑞安巢穴，瑞安指卓凱如未能在限時內在廠房中找出羨晴，他便會在電視節目中公開全香港的臥底身分。羨昕憑著浩勤的鼓勵，只身闖進瑞安存放電腦資料的地方。羨昕成功找到電腦，欲阻止局長散播資訊之際，卻因而遇上了保護資料的殺手襲擊，無法反擊身陷險境。